Afin de prendre en compte les avis des partenaires et de pouvoir leur proposer une organisation claire et efficace, GéoBretagne s'articule autour d'organes politiques, techniques et administratifs

L'assemblée générale, composé d'un représentant par structure adhérente, jour le rôle d'arbitre sur toutes les décisions structurantes du partenariat.

Le comité exécutif, composé des maîtres d'ouvrage au titre du Contrat de projets Etat-Région, alloue les ressources nécessaires à l'exécution des décisions de l'assemblée générale.

Le comité technique assure, quant à lui, la coordination de l'ensemble des travaux issus des pôles métier et soumet les questions au comité de pilotage.

Les pôles métier travaillent avec le maximum d'acteurs concernés par une thématique (ex. l'urbanisme) pour améliorer la production des données géographiques du domaine en question.

Le secrétariat de GéoBretagne permet de gérer l'aspect administratif du partenariat.